Cụm cảng Ninh Bình gồm 5 cảng liên tiếp trên bờ phải sông Đáy là cảng Ninh Bình, cảng Vissai, cảng Ninh Phúc, cảng Phúc Lộc, cảng đạm Ninh Bình và cảng Long Sơn; 2 cảng chuyên dùng là cảng than, cảng xăng dầu và cảng cạn ICD Phúc Lộc. Tất cả các cảng này đều nằm trong danh sách cảng tiếp nhận tàu biển Việt Nam và phương tiện thủy nước ngoài.[2] Ngoài ra cụm cảng Ninh Bình còn có các cảng khác như cảng Nam Phương, cảng Khánh An,...

• Cảng Ninh Bình nằm ở Km 73, bờ phải sông Đáy, cạnh cầu Non Nước có công suất đạt 1,6 triệu tấn/năm, đảm bảo cho tàu biển trên 1.000 DWT ra vào thuận lợi;
• Cảng Vissai nằm ở Km 72+676 – km 72+976, bờ phải sông Đáy, cách cảng Ninh Bình 1.5 km về phía Hạ lưu Sông Đáy có công suất đạt 1,6 triệu tấn/năm, đảm bảo cho tàu biển trên 1.600 DWT ra vào thuận lợi;
• Cảng Quang Trung ở Km 72+676 – km 72+976, bờ phải sông Đáy, nằm ở hạ lưu Cảng Vissai. Cảng phục vụ bốc dỡ các cấu kiện thép của Công ty Quang Trung.
• Cảng cạn ICD Phúc Lộc nằm ở Km 71+250 – km 71+770; km 71+830- km 72+760, bờ phải sông Đáy; là cảng cấp III, cho phép tàu biển đạt công suất < 3000 DWT cập cảng. đây là cảng cạn đầu tiên ở Việt Nam được công bố bởi Bộ GTVT, vị trí cảng tại Lô C1, C1’, C1”, C2, C3 Khu công nghiệp Khánh Phú, tỉnh Ninh Bình. Chủ cảng là Tập đoàn Phúc Lộc. Mục tiêu của cảng nhằm khai thác, kinh doanh dịch vụ và thực hiện thủ tục hải quan và xuất nhập khẩu hàng hóa tại cảng cạn theo quy định
• Cảng đạm Ninh Bình (Cảng Tiến Hưng cũ) Km 69+990 – km 70+340, bờ Phải sông Đáy, cho phép tàu biển đạt công suất < 1000 DWT cập cảng.
• Cảng Long Sơn Km 65+500, bờ Phải sông Đáy.
• Cảng than của nhà máy Nhiệt điện Ninh Bình và cảng xăng dầu.